A Prefeitura da UENF é responsável pelo desenvolvimento de ações para o planejamento, operação e controle da estrutura física, relacionadas às atividades de manutenção, zeladoria, transportes e projetos de engenharia da UENF.
Atua em todos os campi da Universidade que abrangem além do Campus Leonel Brizola, o Casa de Cultura Villa Maria, a Fazenda Modelo, o Campus da UENF e Itaocara.